Dans un référé publié le 9 novembre 2026, la Cour des comptes demande au Premier ministre de remettre à l’équilibre, avant la fin de l’année, le régime d’indemnités journalières des professions libérales, déficitaire depuis sa création.
- Le dispositif créé en 2021 affiche un déficit cumulé de 309 M€ au 31 décembre 2025.
- En 2025, il a versé 213,6 M€ de charges pour 145,7 M€ de produits.
- Matignon annonce une hausse de la cotisation d’ici fin 2026, puis des mesures sur les prestations début 2027.
- Délai de carence et plafond d’indemnisation figurent parmi les paramètres étudiés.
Plan de l'article
- De quel régime parle la Cour des comptes ?
- Pourquoi le déficit pose-t-il un problème juridique ?
- Quels sont les chiffres relevés par la Cour ?
- Que demande précisément la Cour au gouvernement ?
- Que répond Matignon ?
- Ce que cela change pour un libéral en 2026 et 2027
- Mutuelle ou prévoyance : qui couvre la perte de revenu ?
- Questions fréquentes
De quel régime parle la Cour des comptes ? #
Jusqu’en 2021, un professionnel libéral ne touchait aucune indemnité journalière avant le 91e jour d’arrêt maladie, sauf s’il avait souscrit un contrat d’assurance privé. Seules quatre caisses (médecins, auxiliaires médicaux, experts-comptables, chirurgiens-dentistes et sages-femmes) servaient des indemnités à partir du 91e jour, pendant trois ans.
La crise sanitaire a changé la donne. La loi de financement de la Sécurité sociale pour 2021 a créé un dispositif commun et obligatoire pour les libéraux affiliés à la Caisse nationale d’assurance vieillesse des professions libérales (CNAVPL). Il indemnise les 90 premiers jours d’arrêt depuis le 1er juillet 2021.
La gestion quotidienne revient aux Urssaf et aux caisses primaires d’assurance maladie. Le pilotage financier, lui, appartient au conseil d’administration de la CNAVPL.
Pourquoi le déficit pose-t-il un problème juridique ? #
La loi impose que ce régime s’autofinance. Les cotisations des libéraux doivent couvrir les prestations et les frais de gestion, sans peser sur les comptes du régime général. L’article L. 622-2 du code de la Sécurité sociale prévoit que, si cet équilibre est rompu, la CNAVPL propose une hausse de cotisation ou une baisse des prestations. À défaut, un décret doit trancher.
Or, selon le référé de la Cour des comptes, tous les exercices depuis 2021 ont été déficitaires. La Cour relève qu’aucune mesure de redressement n’a été proposée, et que les ministères de tutelle n’ont pas utilisé la voie du décret.
Quels sont les chiffres relevés par la Cour ? #
Le tableau publié par la Cour, établi à partir des données de l’Assurance maladie, montre un trou annuel persistant.
| Année | Charges (M€) | Produits (M€) | Résultat (M€) |
|---|---|---|---|
| 2021 (six mois) | 72,4 | 1,6 | -70,8 |
| 2022 | 216,0 | 182,9 | -33,1 |
| 2023 | 190,0 | 126,0 | -64,0 |
| 2024 | 207,0 | 134,3 | -72,7 |
| 2025 | 213,6 | 145,7 | -67,9 |
Le déficit cumulé atteint ainsi 309 M€ fin 2025. Selon la Cour, ce montant représente près d’une année et demie de prestations et plus de deux années de cotisations. Il est aujourd’hui logé dans les comptes de la branche maladie.
Que demande précisément la Cour au gouvernement ? #
Deux mesures, à prendre avant la fin de l’exercice 2026. D’abord, rétablir par décret l’équilibre financier du dispositif si la CNAVPL ne fait pas de proposition. Ensuite, définir comment sera apuré le déficit de 309 M€ accumulé dans les comptes de l’Assurance maladie.
La Cour fait aussi un parallèle avec les salariés : face à la hausse du coût de leurs indemnités journalières, un décret du 20 février 2025 a modifié leur mode de calcul, pour 800 M€ d’économies en année pleine.
Que répond Matignon ? #
Dans sa réponse publiée avec le référé, le Premier ministre reconnaît un déficit structurel d’environ 300 M€ depuis 2021. Il rappelle que la CNAVPL a voté, lors de son conseil d’administration du 3 juillet 2025, un relèvement de la cotisation de 0,3 % à 0,4 %, qui rapporterait 45 M€ de recettes par an.
Le gouvernement indique qu’une évolution du taux de cotisation est prévue d’ici la fin de l’année 2026. D’autres mesures portant sur les prestations sont à l’étude pour début 2027. Matignon cite le délai de carence et le plafond comme paramètres ajustables, en précisant que leurs effets sur les assurés doivent d’abord être évalués.
À noter : les 45 M€ attendus restent inférieurs au déficit de la seule année 2025. La hausse de cotisation ne suffira donc pas, à elle seule, à combler le trou annuel ni à rembourser le passif.
Ce que cela change pour un libéral en 2026 et 2027 #
La cotisation actuelle est de 0,30 % du revenu annuel d’activité, dans la limite de 144 180 € au 1er janvier 2026. Avec le passage à 0,40 %, un libéral qui déclare 50 000 € de revenu paierait 200 € par an au lieu de 150 €.
Côté prestations, les règles restent celles décrites par l’Assurance maladie tant qu’aucun texte ne les modifie : un délai de carence de 3 jours, une indemnité égale à 1/730e du revenu annuel moyen des trois années précédentes, 12 mois d’affiliation continue exigés et 90 jours d’arrêt au maximum. Un délai de carence allongé ou un plafond abaissé réduirait directement le montant perçu.
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Mutuelle ou prévoyance : qui couvre la perte de revenu ? #
C’est la confusion la plus fréquente. Une complémentaire santé rembourse des frais de soins : consultations, pharmacie, hospitalisation, optique, dentaire. Elle ne verse aucun revenu de remplacement pendant un arrêt de travail.
Le maintien de revenu relève d’un contrat de prévoyance. Pour un libéral, c’est ce contrat qui comble les jours de carence, complète une indemnité plafonnée et prend le relais après le 90e jour, quand la caisse professionnelle ne le fait pas. Si le régime public est resserré en 2027, relire sa franchise et son montant journalier garanti devient une précaution utile.
Questions fréquentes #
Les indemnités des libéraux vont-elles baisser dès maintenant ?
Non. Aucun texte n’a encore modifié les prestations. Le gouvernement parle de mesures sur les prestations début 2027, encore en cours d’instruction.
Qui paiera le déficit déjà accumulé ?
Il figure pour l’instant dans les comptes de la branche maladie du régime général. La Cour demande au gouvernement de fixer les modalités de son apurement.
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Ma mutuelle santé peut-elle compenser un arrêt maladie ?
Non, une complémentaire santé ne couvre que les frais de soins. Seul un contrat de prévoyance peut verser des indemnités pendant un arrêt de travail.
